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核酸引物是指人工合成的兩段寡核苷酸序列，一段與目的基因一端的一條DNA模板鏈互補，另一段與目的基因另一端的另一條DNA模板鏈互補。它是DNA復制開始時DNA聚合酶的結合位點，所以引物的純度關系到PCR擴增的結果，尤其是對用于測序、克隆的引物。因此引物合成之后一般都需要做進一步的純化。
核酸引物純化
核酸引物純化現在引物純化方式有很多種,目前常見的主要有C18柱脫鹽、RPC純化、ePAGE純化、PAGE純化以及HPLC純化等，各純化方式對比如下。
純化方式
純化特點
C18柱脫鹽
對DNA有特異性吸附，可被有機溶液洗脫，但不會被水洗脫，因此能有效地去除鹽分，但不能有效去除比目的片段短的小片段。
該方法一般不會對普通PCR反應產生影響。對于需要用于測序、克隆的引物不能使用這個級別。
RPC純化
RPC純化是通過反相凈化濾芯 (Reverse Phase Cartridge) 對引物進行純化，純化原理與反相HPLC純化一樣。但它是一種有效且更加經濟的純化方式。該純化方法對引物長度為15～40mer更為適用。RPC純化的引物可以應用于DNA測序、 PCR及基因合成等。
ePAGE純化
ePAGE是一種利用快速電泳對引物進行分離純化的方法，具有通量大，速度快的特點。依靠全自動進樣，快速電泳，自動純化等設備，短時間內完成DNA條帶的分離純化。該純化方法對<15 mer和>60me的引物不適用。但純度可滿足大多分子生物學實驗需求。
PAGE純化
PAGE純化法是使用變性聚丙烯酰胺凝膠電泳，對引物DNA進行分離，然后從凝膠中回收目的DNA。PAGE純化法也是一種非常有效的DNA純化方法，純化后的DNA純度大于90%，對長鏈Oligo DNA (大于50mer)的純化特別有效。
HPLC純化
HPLC純化是利用高效液相色譜的原理，對引物DNA進行純化。該方法能達到很高的純度和靈敏度。該法的缺點是成本較高，批量生產效率不高。HPLC純化主要用于短鏈和修飾引物的純化。
在使用HPLC方法對引物DNA的分析和純化中，常用的有離子交換（ion-exchange）HPLC和反相HPLC。反相HPLC一般純度能大于90%；離子交換 HPLC純度能大于95%，并且可以有效的去除N-1短片段，對純化短鏈引物＜15mer特別有效。
依利特最近推出的核酸純化系統，是一套多功能制備系統，流量范圍可達100mL/min，同時具備雙波長檢測功能，可實現進樣和收集同時進行，兼容多種規格托盤和試管。與之相匹配的SinoPak BEH T-C18 反相色譜柱以及Bioassist 陰離子交換柱，純化效率高，色譜柱壽命長，是核酸純化的不二之選。
核酸引物純度檢測
純化完成后，引物純度檢測也是必備的一個步驟。HPLC是最常用的一種分析方法，參考國標GB/T 34797-2017，核酸引物純度的分析色譜條件如下：
色譜柱：
SinoPak BEH AQ-C18 色譜柱 3μm 4.6*50mm
流動相：A：0.1mol/L TEAA；B：乙腈，梯度洗脫
0-15min 流動相B從5%到30%
檢測波長：260nm
流速：1.0mL/min
柱溫：60℃
SinoPak BEH AQ-C18色譜柱是依利特最新研發并推出的全新一代雜化硅膠色譜柱，通過特殊的三鍵鍵合工藝，極大降低鍵合相脫落。該色譜柱不但可以耐純水，在具備高的柱效和機械強度的同時，還具有很寬pH范圍穩定性，即使在極端的條件下，也能保持很好的柱壽命。SinoPak BEH AQ-C18色譜柱有三種不同的孔徑[130?、200?和300?] ，適用于從小分子分析到大分子生物制藥分析的各類應用。
分析純化系統配置如下
序號
主要參數
1
P3170
高壓恒流泵
流速范圍：0.01~100.00mL/min
耐壓：30MPa
2
UV3150
雙波長紫外-
可見檢測器
分析型：10mm
半制備型：2mm
制備型：0.5~2mm可調
3
S3150PF
自動進餾器
進樣范圍：10μL~20mL（最大可達25mL）
強制、時間、閾值、斜率等多種收集模式
4
TP3100溶劑托盤
/
5
Kromstation
色譜數據工作站
可對儀器進行全反控
6
Bioassist Q
分析型
陰離子交換柱
10μm 4.6×50mm
Bioassist Q
制備型
陰離子交換柱
13μm 10×100mm
SinoPak BEH AQ-C18
3μm 4.6×50mm （分析型）
SinoPak BEH AQ-C18
5μm 10×250mm （制備型）
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周一至周日 8:30-17:30
（僅收市話費）
